Ферганская областная инфекционная больница №2 создана решением хокима Ферганской области № 114 от 29 апреля 2020 года.
С тех пор больница оказывает жителям области стационарную помощь при инфекционных заболеваниях. Сегодня в ней работают отделения гепатологии, диарейных инфекций, реанимации, приёмное, лабораторное и отделение воздушно-капельных инфекций.